Interactive Table 2: Validated SNP-transcript pairs with evidence of an eQTL and a change in the magnitude of the genetic effect



Search
ProbeIDrsIDGeneIDMinor Allele (D)Minor Allele (V)MAF (D)MAF (V)pGene (D)pGene (V)R2 at Day 0 (D)R2 at Day 1 (D)R2 at Day 3 (D)R2 at Day 14 (D)Min MSEMax (Beta)Max DR2 (D)Max DR2 (V)
ILMN_1675483
3821348
A
A
0.161
0.2
3.11E-15
0.182
0.356
0.292
0.247
0.016
0.176
0.174
0.1
ILMN_1675483
7603521
A
A
0.161
0.191
1.18E-13
0.182
0.356
0.292
0.247
0.016
0.176
0.174
0.097
ILMN_1787529
10846411
A
A
0.297
0.341
5.55E-16
0.131
0.228
0.225
0.26
0.013
0.121
0.129
0.254
ILMN_1787529
11057065
G
G
0.302
0.341
1.44E-15
0.123
0.224
0.222
0.255
0.013
0.117
0.131
0.239
ILMN_1787529
2072449
A
A
0.297
0.336
2.22E-16
0.131
0.228
0.225
0.26
0.013
0.121
0.129
0.252
ILMN_1714592
4655226
A
A
0.12
0.068
4.87E-12
0.162
0.242
0.146
0.198
0.102
0.491
0.081
0.122
ILMN_1714592
3102071
A
A
0.109
0.064
3.62E-11
0.149
0.225
0.137
0.243
0.097
0.488
0.094
0.155
ILMN_1665457
6488608
A
A
0.385
0.395
0
0.421
0.521
0.445
0.457
0.007
0.126
0.101
0.093
ILMN_1665457
10744034
A
A
0.469
0.455
2.22E-16
0.35
0.431
0.305
0.411
0.009
0.121
0.081
0.128
ILMN_1723115
10206319
A
A
0.286
0.236
2.90E-11
0.205
0.234
0.307
0.159
0.003
0.084
0.102
0.204
ILMN_1723115
17719042
G
G
0.276
0.241
4.86E-08
0.171
0.212
0.252
0.183
0.003
0.067
0.081
0.112
ILMN_1723115
1548888
C
C
0.323
0.277
2.22E-16
0.25
0.357
0.442
0.275
0.003
0.092
0.193
0.16
ILMN_1723115
1548891
A
A
0.323
0.277
2.22E-16
0.25
0.357
0.442
0.275
0.003
0.092
0.193
0.16
ILMN_1704985
2710251
G
G
0.427
0.386
2.22E-16
0.296
0.34
0.419
0.391
0.084
0.367
0.124
0.083
ILMN_1704985
523396
A
A
0.406
0.373
2.22E-16
0.277
0.327
0.422
0.405
0.082
0.383
0.145
0.087
ILMN_1704985
3821031
A
A
0.365
0.35
1.61E-13
0.214
0.234
0.338
0.352
0.09
0.326
0.138
0.073
ILMN_1704985
1344642
A
A
0.427
0.381
4.44E-16
0.296
0.34
0.419
0.391
0.084
0.367
0.124
0.095
ILMN_1704985
611203
G
G
0.406
0.373
2.22E-16
0.277
0.327
0.422
0.405
0.082
0.383
0.145
0.087
ILMN_1704985
4674305
G
G
0.396
0.377
2.22E-16
0.248
0.311
0.408
0.394
0.084
0.371
0.16
0.096
ILMN_1704985
2278530
G
G
0.406
0.377
0
0.277
0.327
0.422
0.405
0.082
0.383
0.145
0.077
ILMN_1704985
612874
A
A
0.406
0.377
0
0.277
0.327
0.422
0.405
0.082
0.383
0.145
0.077
ILMN_1704985
4674321
G
G
0.406
0.373
2.22E-16
0.277
0.327
0.422
0.405
0.082
0.383
0.145
0.087
ILMN_1704985
2556388
G
G
0.427
0.386
2.22E-16
0.296
0.34
0.419
0.391
0.084
0.367
0.124
0.083
ILMN_1704985
492400
G
G
0.406
0.377
0
0.277
0.327
0.422
0.405
0.082
0.383
0.145
0.077
ILMN_1704985
1055816
G
G
0.406
0.377
0
0.277
0.327
0.422
0.405
0.082
0.383
0.145
0.077
ILMN_1704985
10189479
A
A
0.396
0.368
5.33E-15
0.222
0.308
0.394
0.346
0.091
0.364
0.172
0.091
ILMN_1767651
954050
G
G
0.427
0.391
6.36E-10
0.16
0.228
0.208
0.258
0.014
0.103
0.099
0.081
ILMN_1767651
6951479
G
G
0.427
0.382
2.48E-10
0.16
0.228
0.208
0.258
0.014
0.103
0.099
0.097
ILMN_1678766
9457413
C
C
0.419
0.472
1.10E-14
0.105
0.197
0.254
0.152
0.088
0.232
0.149
0.074
ILMN_1678766
6925536
A
A
0.417
0.473
6.22E-15
0.08
0.18
0.223
0.162
0.089
0.226
0.143
0.093
ILMN_1779147
17645885
G
G
0.104
0.1
4.33E-15
0.285
0.361
0.296
0.398
0.021
0.28
0.113
0.106
ILMN_1673370
4270584
G
G
0.406
0.327
4.38E-09
0.237
0.331
0.18
0.113
0.015
0.124
0.094
0.087
ILMN_1655525
2294155
G
G
0.146
0.123
1.44E-14
0.177
0.208
0.186
0.292
0.005
0.097
0.115
0.112
ILMN_1651496
806973
G
G
0.411
0.409
2.05E-10
0.139
0.289
0.233
0.338
0.06
0.299
0.199
0.079
ILMN_1651496
1009181
G
G
0.401
0.395
2.31E-10
0.13
0.295
0.194
0.374
0.063
0.31
0.245
0.082
ILMN_2150787
3130542
A
A
0.198
0.195
1.24E-11
0.385
0.567
0.444
0.342
0.005
0.16
0.182
0.121
ILMN_2150787
3130695
A
A
0.191
0.187
8.48E-11
0.367
0.475
0.382
0.241
0.006
0.152
0.108
0.148
ILMN_2150787
9264508
A
A
0.198
0.195
1.24E-11
0.385
0.567
0.444
0.342
0.005
0.16
0.182
0.121
ILMN_2150787
2524074
G
G
0.266
0.318
0
0.451
0.547
0.43
0.335
0.005
0.147
0.096
0.24
ILMN_1808405
9272219
A
A
0.25
0.318
0
0.209
0.307
0.144
0.22
0.224
0.539
0.098
0.084
ILMN_1808405
9273012
G
G
0.25
0.318
0
0.209
0.307
0.144
0.22
0.224
0.539
0.098
0.084
ILMN_1810274
10853100
A
A
0.474
0.432
0
0.406
0.396
0.386
0.51
0.015
0.194
0.104
0.096
ILMN_1810274
925284
A
A
0.479
0.432
0
0.394
0.399
0.396
0.512
0.015
0.192
0.118
0.096
ILMN_1810274
11079824
C
A
0.495
0.459
0
0.361
0.422
0.351
0.49
0.015
0.194
0.13
0.141
ILMN_1810274
1042815
G
G
0.385
0.355
0
0.307
0.374
0.328
0.442
0.016
0.189
0.134
0.086
ILMN_1810274
11079828
A
A
0.458
0.414
0
0.291
0.368
0.315
0.444
0.016
0.184
0.153
0.127
ILMN_1810274
2325948
G
G
0.479
0.432
0
0.394
0.399
0.396
0.512
0.015
0.192
0.118
0.096
ILMN_1670576
9649520
A
A
0.49
0.495
0
0.431
0.558
0.349
0.419
0.008
0.18
0.127
0.082
ILMN_1670576
10239340
A
A
0.375
0.395
0
0.538
0.644
0.433
0.56
0.006
0.198
0.106
0.1
ILMN_1670576
8043
A
A
0.49
0.495
0
0.431
0.558
0.349
0.419
0.008
0.18
0.127
0.082
ILMN_1811468
748815
A
A
0.12
0.118
6.73E-12
0.118
0.221
0.272
0.268
0.004
0.104
0.154
0.102
ILMN_1733811
1436441
A
A
0.083
0.082
0
0.257
0.374
0.422
0.379
0.045
0.53
0.165
0.15
ILMN_1733811
12452032
C
C
0.068
0.059
8.14E-11
0.209
0.303
0.335
0.292
0.051
0.52
0.126
0.119
ILMN_1733811
4796616
A
A
0.068
0.059
8.14E-11
0.209
0.303
0.335
0.292
0.051
0.52
0.126
0.119
ILMN_1733811
8065502
A
A
0.068
0.059
8.14E-11
0.209
0.303
0.335
0.292
0.051
0.52
0.126
0.119
ILMN_1733811
4796712
A
A
0.083
0.082
0
0.257
0.374
0.422
0.379
0.045
0.53
0.165
0.15
ILMN_1733811
8071567
A
A
0.068
0.059
8.14E-11
0.209
0.303
0.335
0.292
0.051
0.52
0.126
0.119
ILMN_1733811
4796743
A
A
0.073
0.059
8.14E-11
0.168
0.25
0.279
0.24
0.055
0.458
0.111
0.119
ILMN_1733811
11079024
A
A
0.068
0.059
8.14E-11
0.209
0.303
0.335
0.292
0.051
0.52
0.126
0.119
ILMN_1733811
7216371
A
A
0.089
0.077
0
0.544
0.615
0.632
0.611
0.028
0.664
0.088
0.142
ILMN_1719064
10774697
G
G
0.37
0.423
5.45E-10
0.213
0.266
0.273
0.296
0.019
0.135
0.084
0.086
ILMN_1810628
611461
A
A
0.302
0.25
0
0.296
0.379
0.357
0.451
0.002
0.069
0.155
0.106
ILMN_1810628
620552
A
A
0.302
0.264
0
0.296
0.379
0.357
0.451
0.002
0.069
0.155
0.121
ILMN_1810628
560094
G
G
0.302
0.264
0
0.296
0.379
0.357
0.451
0.002
0.069
0.155
0.121
ILMN_1810628
683866
C
C
0.479
0.445
1.79E-10
0.188
0.184
0.179
0.272
0.003
0.05
0.084
0.147
ILMN_1810628
678943
G
G
0.333
0.35
7.96E-12
0.196
0.254
0.158
0.362
0.003
0.062
0.166
0.107
ILMN_1810628
561970
A
A
0.302
0.264
0
0.296
0.379
0.357
0.451
0.002
0.069
0.155
0.121
ILMN_1810628
512110
G
G
0.302
0.264
0
0.296
0.379
0.357
0.451
0.002
0.069
0.155
0.121
ILMN_1810628
680729
A
A
0.3
0.264
0
0.295
0.379
0.354
0.449
0.003
0.069
0.155
0.121
ILMN_1810628
577993
G
G
0.453
0.382
2.00E-12
0.2
0.2
0.218
0.289
0.003
0.052
0.09
0.116
ILMN_1810628
517634
A
A
0.302
0.264
0
0.296
0.379
0.357
0.451
0.002
0.069
0.155
0.121
ILMN_1810628
680775
A
A
0.302
0.264
0
0.296
0.379
0.357
0.451
0.002
0.069
0.155
0.121
ILMN_1701512
12100841
G
G
0.182
0.186
9.99E-15
0.175
0.398
0.048
0.205
0.023
0.245
0.224
0.083
ILMN_2183938
7306826
G
G
0.365
0.323
3.52E-09
0.341
0.408
0.445
0.414
0.064
0.362
0.105
0.135
ILMN_2183938
7975588
A
A
0.365
0.332
4.02E-09
0.395
0.412
0.431
0.489
0.056
0.356
0.094
0.092
ILMN_2183938
10878233
A
A
0.359
0.332
4.02E-09
0.386
0.405
0.427
0.47
0.058
0.353
0.084
0.092
ILMN_2183938
3905826
C
C
0.359
0.332
4.02E-09
0.386
0.405
0.427
0.47
0.058
0.353
0.084
0.092
ILMN_2183938
10878255
A
A
0.37
0.332
4.42E-11
0.317
0.343
0.407
0.415
0.064
0.364
0.099
0.119
ILMN_1664641
7326381
A
A
0.068
0.064
0
0.289
0.337
0.264
0.511
0.018
0.368
0.222
0.108
ILMN_1664641
7982479
G
G
0.089
0.086
0
0.236
0.261
0.223
0.41
0.022
0.283
0.174
0.096
ILMN_1664641
1410116
A
A
0.068
0.073
0
0.289
0.337
0.264
0.511
0.018
0.368
0.222
0.1
ILMN_1664641
7996051
G
G
0.068
0.064
0
0.289
0.337
0.264
0.511
0.018
0.368
0.222
0.108
ILMN_1664641
1998989
A
A
0.068
0.073
0
0.289
0.337
0.264
0.511
0.018
0.368
0.222
0.1
ILMN_1664641
8002322
C
C
0.084
0.077
0
0.271
0.301
0.278
0.455
0.02
0.302
0.184
0.101
ILMN_1664641
4941618
A
A
0.068
0.064
0
0.289
0.337
0.264
0.511
0.018
0.368
0.222
0.108
ILMN_1664641
17071168
G
G
0.12
0.095
2.22E-16
0.208
0.187
0.203
0.306
0.026
0.214
0.099
0.1
ILMN_1784428
11012
A
A
0.214
0.164
4.60E-08
0.219
0.27
0.341
0.181
0.013
0.147
0.121
0.134
ILMN_1784428
12947718
A
A
0.214
0.164
4.60E-08
0.219
0.27
0.341
0.181
0.013
0.147
0.121
0.134
ILMN_1784428
17631676
G
G
0.214
0.164
4.60E-08
0.219
0.27
0.341
0.181
0.013
0.147
0.121
0.134
ILMN_1652147
722435
A
A
0.172
0.218
1.05E-12
0.303
0.421
0.304
0.273
0.002
0.067
0.118
0.103
ILMN_1652147
11190786
G
G
0.172
0.218
1.05E-12
0.303
0.421
0.304
0.273
0.002
0.067
0.118
0.103
ILMN_1652147
1056295
G
G
0.177
0.214
7.96E-13
0.277
0.467
0.317
0.274
0.002
0.069
0.19
0.09
ILMN_1652147
2295716
G
G
0.172
0.218
1.05E-12
0.303
0.421
0.304
0.273
0.002
0.067
0.118
0.103
ILMN_1652147
2863095
A
A
0.172
0.218
1.05E-12
0.303
0.421
0.304
0.273
0.002
0.067
0.118
0.103
ILMN_1718932
326124
A
A
0.234
0.164
1.39E-13
0.223
0.21
0.156
0.334
0.03
0.205
0.111
0.079
ILMN_1683279
9471976
C
C
0.447
0.495
0
0.233
0.318
0.208
0.29
0.006
0.074
0.085
0.122
ILMN_1858599
2271811
G
G
0.453
0.432
1.58E-09
0.133
0.203
0.236
0.134
0.009
0.077
0.103
0.079
ILMN_1858599
289904
A
A
0.479
0.464
5.97E-09
0.134
0.279
0.197
0.11
0.009
0.093
0.146
0.083
ILMN_2368597
789172
C
C
0.443
0.482
0
0.265
0.313
0.241
0.343
0.006
0.088
0.078
0.086
ILMN_2368597
2274064
G
G
0.432
0.468
0
0.233
0.317
0.215
0.348
0.006
0.089
0.115
0.109
ILMN_2368597
11811630
A
A
0.432
0.468
0
0.233
0.317
0.215
0.348
0.006
0.089
0.115
0.093
ILMN_2368597
2275675
G
G
0.349
0.359
0
0.256
0.345
0.336
0.313
0.007
0.094
0.089
0.141
ILMN_2368597
12753665
A
A
0.312
0.318
0
0.276
0.42
0.289
0.369
0.006
0.104
0.144
0.209
ILMN_2368597
2702204
G
G
0.349
0.362
0
0.256
0.345
0.336
0.313
0.007
0.094
0.089
0.151
ILMN_2368597
6662844
A
A
0.443
0.473
0
0.265
0.313
0.241
0.343
0.006
0.088
0.078
0.086
ILMN_1659761
3826100
C
C
0.214
0.205
3.76E-12
0.195
0.356
0.182
0.258
0.011
0.132
0.16
0.104
ILMN_1659761
12931604
G
G
0.193
0.195
1.62E-10
0.16
0.309
0.185
0.255
0.012
0.133
0.148
0.138
ILMN_1659761
745829
C
C
0.214
0.205
3.76E-12
0.195
0.356
0.182
0.258
0.011
0.132
0.16
0.104
ILMN_1659761
3826101
A
A
0.214
0.209
1.41E-12
0.195
0.356
0.182
0.258
0.011
0.132
0.16
0.108
ILMN_1659761
3169267
A
A
0.214
0.205
2.15E-13
0.195
0.356
0.182
0.258
0.011
0.132
0.16
0.118
ILMN_1659761
12918207
A
A
0.229
0.227
2.15E-09
0.193
0.335
0.145
0.287
0.012
0.126
0.142
0.13
ILMN_1659761
890897
A
A
0.214
0.205
2.10E-12
0.195
0.356
0.182
0.258
0.011
0.132
0.16
0.132
ILMN_1659761
3826102
A
A
0.214
0.205
3.76E-12
0.195
0.356
0.182
0.258
0.011
0.132
0.16
0.104
ILMN_1659761
3803604
C
C
0.219
0.232
3.05E-12
0.214
0.378
0.204
0.257
0.011
0.136
0.164
0.121
ILMN_1659761
12920743
G
G
0.208
0.214
1.51E-09
0.142
0.256
0.142
0.279
0.013
0.133
0.137
0.129
ILMN_1659761
916097
A
A
0.172
0.145
2.85E-09
0.115
0.229
0.138
0.241
0.013
0.137
0.126
0.185
ILMN_1659761
4781256
A
A
0.198
0.209
1.24E-08
0.142
0.297
0.149
0.238
0.012
0.13
0.154
0.197
ILMN_1659761
3803610
G
G
0.214
0.209
1.41E-12
0.195
0.356
0.182
0.258
0.011
0.132
0.16
0.108
ILMN_1659761
12928849
G
G
0.188
0.182
2.56E-09
0.153
0.294
0.148
0.241
0.012
0.13
0.141
0.162
ILMN_1659761
10609
G
G
0.214
0.205
2.15E-13
0.195
0.356
0.182
0.258
0.011
0.132
0.16
0.118
ILMN_1659761
3169265
A
A
0.219
0.205
2.15E-13
0.174
0.311
0.171
0.231
0.012
0.12
0.137
0.118
ILMN_1659761
4781274
C
C
0.229
0.232
9.50E-10
0.193
0.335
0.145
0.287
0.012
0.126
0.142
0.136
ILMN_1759250
241449
A
A
0.266
0.245
0
0.182
0.293
0.275
0.204
0.012
0.173
0.112
0.121
ILMN_1759250
241453
A
A
0.266
0.245
0
0.182
0.293
0.275
0.204
0.012
0.173
0.112
0.121
ILMN_1759250
241446
A
A
0.266
0.245
0
0.182
0.293
0.275
0.204
0.012
0.173
0.112
0.121
ILMN_1759250
2857101
G
G
0.266
0.25
0
0.182
0.293
0.275
0.204
0.012
0.173
0.112
0.119
ILMN_1759250
241440
A
A
0.271
0.245
0
0.174
0.293
0.267
0.211
0.012
0.173
0.12
0.121
ILMN_1759250
241454
G
G
0.266
0.245
0
0.182
0.293
0.275
0.204
0.012
0.173
0.112
0.121
ILMN_1759250
241447
G
G
0.266
0.245
0
0.182
0.293
0.275
0.204
0.012
0.173
0.112
0.121
ILMN_1759250
241441
G
G
0.271
0.245
0
0.174
0.293
0.267
0.211
0.012
0.173
0.12
0.121
ILMN_1759250
241456
A
A
0.266
0.245
0
0.182
0.293
0.275
0.204
0.012
0.173
0.112
0.121
ILMN_1759250
241448
G
G
0.266
0.245
0
0.182
0.293
0.275
0.204
0.012
0.173
0.112
0.121
ILMN_1759250
241445
A
A
0.266
0.245
0
0.182
0.293
0.275
0.204
0.012
0.173
0.112
0.121
ILMN_1759250
2621321
G
G
0.266
0.25
0
0.182
0.293
0.275
0.204
0.012
0.173
0.112
0.119
ILMN_1738220
7769759
G
G
0.219
0.2
0
0.518
0.462
0.406
0.606
0.024
0.353
0.088
0.09
ILMN_1738220
9369265
A
A
0.219
0.2
0
0.518
0.462
0.406
0.606
0.024
0.353
0.088
0.09
ILMN_1738220
1872241
A
A
0.208
0.2
0
0.549
0.482
0.445
0.631
0.023
0.377
0.081
0.09
ILMN_1738220
2101269
G
G
0.219
0.2
0
0.518
0.462
0.406
0.606
0.024
0.353
0.088
0.09
ILMN_1773313
7911488
G
G
0.354
0.268
0
0.211
0.316
0.222
0.277
0.004
0.084
0.105
0.226
ILMN_1773313
11191642
G
G
0.354
0.264
0
0.211
0.316
0.222
0.277
0.004
0.084
0.105
0.175
ILMN_1796216
10483877
G
G
0.26
0.241
0
0.389
0.476
0.247
0.468
0.013
0.213
0.087
0.108
ILMN_1796216
11626491
G
G
0.289
0.295
0
0.274
0.367
0.157
0.33
0.016
0.189
0.093
0.087